需要根據抗體應用于什么實驗，以及您所能獲得的材料來決定。
1. 實驗過程中蛋白處于天然狀態，這時使用的抗體識別的一般是蛋白的構象表位和線性表位；這樣的實驗主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及ELISA法檢測天然蛋白等；
2. 實驗過程中蛋白處于變性或半變性狀態，這時大部分的構象表位已被破壞，抗體識別的一般都是線性表位；這樣的實驗主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作為抗原制備的抗體，識別的是線性表位，在使用時蛋白處于變性或半變性狀態下，結果可以令人滿意；但不能夠保證識別天然蛋白以蛋白作為抗原制備的抗體，識別蛋白的線性和構象表位，基本上所有的實驗都可以應用，所以，用蛋白作為抗原應是首選，但是在多肽抗原已可滿足實驗要求而且得到蛋白有一定難度的情況下，以多肽作為抗原制備抗體更加合適。
3. 如果提供全氨基酸序列的話，就可以表達蛋白；如果提供的只是多肽序列的話，那么只能合成多肽，但是一般來說，用完整的蛋白比用多肽免疫的效果要好，而且多肽免疫后的血清不保證一定可以識別完整的抗原。因為肽只是一個線性序列，而且是人工合成的，所以針對這個肽的抗體能否識別天然蛋白是不確定的，所以在制備抗體之前，對肽的設計很重要。