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如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表達等原因得不到抗原蛋白，或者僅需要得到針對抗原蛋白某幾個特定表位的抗體，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。

例如僅需要生產(chǎn)針對蛋白質(zhì)某個區(qū)域的特異抗體，比如研究蛋白質(zhì)N端的前體物，可以設(shè)計N末端的多肽抗原。

如果抗體的使用目的是識別修飾的氨基酸，如磷酸化的絲氨酸、蘇氨酸或者酪氨酸，乙酰化賴氨酸等，就必須對多肽進行相應的修飾。

一般情況下抗血清能夠識別用來免疫的多肽序列，但是不一定識別天然蛋白質(zhì)的折疊結(jié)構(gòu)。非連續(xù)性抗原的抗體能否識別抗原決定簇取決于用于抗體生產(chǎn)的多肽是否存在二級結(jié)構(gòu)。